Durch die kontinuierliche Weiterentwicklung der Holzfeuerungen weisen Pelletheizungen generell einen geringen Schadstoffausstoß vor.

Feinstaub: Umweltbelastung durch Feinstaub ist sowohl natürlich bedingt als auch vom Menschen verursacht. Der bei Feuerungsanlagen gemessene Staubwert bezeichnet alle mit einer definierten Filterhülse abscheidbaren Feststoffanteile des Abgasstroms. Der Staub besteht aus den mineralischen Bestandteilen des Brennstoffes, kann aber bei unzureichender Verbrennung auch Anteile an Russbestandteilen und Teeren enthalten. Pelletheizungen sind die derzeit effizienteste und emissionsärmste Möglichkeit zur energetischen Nutzung von Biomasse und können deshalb nicht mit alten, etwa handbeschickten Festbrennstoff-Feuerungen – mit deutlich ungünstigerem Emissionsverhalten – verglichen werden. Sie haben sehr geringe Staubemissionen.

Deshalb kann Pelletheizungen kein substantieller Beitrag zur Feinstaubproblematik zugerechnet werden, zumal die Produktentwicklung an einer noch verbesserten Reduktion aller Schadstoffe arbeitet.

Stickoxide: Stickoxide sind überwiegend in Form von Stickstoffmonoxid im Abgas enthalten. Dieses oxidiert in Gegenwart von Sauerstoff zu Stickstoffdioxid, einem stechend riechenden, giftigen Gas, das zu Augenreizungen, Kopfschmerzen und Atembeschwerden führen kann und an der Ozonbildung beteiligt ist. Hauptquellen für Stickoxide sind mit fossilen Brennstoffen befeuerte Kraftwerke, Industrie und Verkehr sowie private Haushalte, die mit Öl und Gas heizen. Da der Stickstoffausstoß hauptsächlich durch den Stickstoffgehalt des Brennstoffes bestimmt wird, weisen Pelletheizungen und Holzfeuerungen sehr geringe Emissionswerte auf.

Kohlenmonoxid und Kohlenwasserstoffe: Bei der unvollständigen Verbrennung von Holzgasen entstehen neben dem geruchslosen Kohlenmonoxid weitere Kohlenstoffverbindungen (sogenannte Kohlenwasserstoffe). Sie sind mit gesundheitlichen und Umweltrisiken verbunden. Mit Scheitholz beschickte Einzelöfen erreichen im Vergleich zu Pelletsystemen hohe Kohlenmonoxidemissionen, die Werte von Pelletöfen oder Pelletheizungen liegen auf einem deutlich niedrigeren Niveau.

Kohlendioxid: Bei der Verbrennung von Holz wird praktisch nur soviel CO2 freigesetzt, wie der Baum zuvor durch sein Wachstum gebunden hat. Aufgrund der CO2-Neutralität von Holzpellets sind Pelletheizungen sozusagen klimaneutral.

Man hat herausgefunden, dass die Gesamtumweltbelastung von Pelletheizungen nicht einmal halb so hoch ist, wie bei einer Ölheizung.